Изначально замок должен был стать неприступной крепостью, где планировалось хранить все важные государственные документы, святые реликвии и коронационные регалии. Замок неоднократно подвергался осадам и штурмам, однако, никогда так и не был полностью завоёван. Во времена правления австрийской династии Габсбургов, все самое ценное было вывезено в Вену. В исторических документах утверждается, что для вывозимого добра из замка Карлштейн потребовалось более чем пятьсот повозок.
В XVIII столетии, замок принадлежал институту благородных девиц, которому замок передала Императрица Мария-Терезия. Строения приходили в упадок. Только в конце XIX столетия была проведена масштабная реконструкция замка, руководил которой известный архитектор Йозеф Мокер. Именно с того времени, замок выглядит так, как в наши дни.

Предполагается, что первый замок из камня здесь начал строить король Вацлав I. Большое значение замок Кршивоклат имел во времена правления сына Вацлава Пршемысла II — Отакара.
Позднее, замок часто посещал сам Карл IV, проведший здесь часть своего детства.
Несколько раз замок сгорал в результате пожаров, однако, всегда был восстановлен.
Достаточно долго замок Кршивоклат служил в качестве тюрьмы для протестантов, которые всячески отвергали католическую церковь. Один из самых известных узников — это придворный алхимик Императора Рудольфа II — Эдвард Келли, который сюда попал из-за того, что обещал императору создать золото искусственным путем, и обещание это не выполнил. Рудольф II приказал арестовать алхимика, забрать его лабораторию на Градчанах, а Келли заключить под стражу.
Последний из владельцев замка Макс Эгон II из немецкого рода Фюрстенбергов продал замок вместе с поместьем чехословацкому государству за 119 миллионов крон, а в наши дни, замок Кршивоклат –это имущество государства чешского.

Входные билеты в замки оплачиваются дополнительно